תהליכי שינוי ארגוניים נוגעים בהיבטים תרבותיים של הארגון, וגוררים שינוי בעולם הערכים ובדרכי ההתנהלות של הארגון. כדי להוביל את השינוי באופן מוצלח יש לפעול במקביל ליצירת מחויבות פנימית של כל המעורבים, ולהתמודד עם התנגדויות. ההתנגדות בדרך כלל אינה לעצם השינוי, אלא לוויתור על דפוסים מוכרים ונוחים. במסגרת רפורמת גפ"ן חלים שינויים רבים באופן התנהלות בית הספר, שעשויים לגרור התנגדויות בקרב גורמים שונים בבית הספר, ולכן בייחוד עכשיו יש חשיבות רבה ליכולתם של מנהלי בית הספר להתמודד עם התנגדויות.